高千穂学園には次のような組織があります。

また、次のような委員会等があります。

教務委員会 / 学生委員会 / 入試委員会 / 就職委員会 / 海外研修・IBCS委員会 / 資格審査委員会 /
FD委員会 /　課外講座運営委員会 / 情報メディアセンター / アジア研究交流センター / 総合研究所 /　
図書館運営委員会 / （仮）高千穂教育質保証運営委員会　/　学長室 / 高千穂学会 /
教員評価・倫理委員会 / 教学事項自己点検実施委員会 / 教学会議・教学協議会 /　付属機関運営協議会